SAM-BAはATMELが提供するAT91シリーズCPU対応のブート書込みツールです。
AT91シリーズのCPUはブートモニタをファームウェアとして内蔵していて、そのブートモニタとパソコン用の書込ツールを使ってCPU内蔵のFlashROMやSPIFlashにプログラムを書き込むことができるようになっています。
AT91 In-system Programmer(ISP)の入手先はこちら
http://www.atmel.com/dyn/products/tools_card.asp?tool_id=3883
AT91SAM7S256-P52 CPUボードとパソコンをUSBケーブルで接続し、
BOOTジャンパをショートしてボード上のリセットボタンを押してリセットします。
リセット後約10秒待った後にBOOTジャンパをオープンにしてもう一度リセットします。

パソコン上でSAM-BAを起動します、起動画面を上図のように設定してからConnectボタンをクリックします。
connectionにusbの選択肢が表示されない場合は1の手順を確認してもう一度SAM-BAを起動しなおして下さい。
どうしてもUSBが認識されないときはUSBケーブルを抜いてからSAM-BAを再インストールしてみて下さい。

起動したSAM-BAのウィンドウでDownload/UploadFileのSendFileNameのファイルオープンダイアログボタンをクリックし、
ダウンロードするファイルを指定します。
ファイルを指定したら ファイルオープンダイアログボタンの右側のSend Fileボタンをクリックしてファイルのダウンロードを開始します。

ファイルのダウンロード中に上のダイアログが表示されます、これはプログラム書込エリアのロック解除の確認です。
Yesをクリックして次に進みます。
もう一度よく似たダイアログが表示されます、今度は書込終了後に書込エリアのロック確認です。
もう一度Yesをクリックして次へ進みます。

正常に書き込まれたというメッセージは表示されません、エラーメッセージが表示されずに書込のログが表示されれば書込は成功です。
CPUをリセットすると書き込んだプログラムが実行されます。